北京朝阳办理医疗器械三类许可证的流程如下：

登录系统：登录北京市政务服务网（zwfwj.beijing.gov.cn），在首页搜索栏中输入 “第三类医疗器械” 关键词，点击 “搜索” 按钮，找到 “第三类医疗器械经营许可” 事项，点击右侧的 “网上办理”3。

选择区域及登录：点击对应区域的 “网上办理” 按钮，进入用户登录界面，选择 “法人登录” 路径，可通过证书登录、口令登录、电子营业执照登录等方式登录3。

阅读须知并进入办事：仔细阅读受理条件、审查标准和设定依据等《用户须知》后，点击查看《申报须知》，勾选 “本人已阅读并同意《申报须知》” 选项，点击 “进入办事”3。

填写申请表：根据实际情况在情形选择页面选择 “是” 或 “否”，并点击 “确认” 按钮。进入在线填表页面，系统会自动匹配部分信息，用户需填写企业信息、经营场所与库房信息、企业人员情况、联系人信息等内容，完成后点击 “下一步”3。

上传材料：按照要求格式上传医疗器械经营许可申请表、企业对所提供材料真实性的声明、企业基本情况等材料，全部上传完毕后点击 “下一步”3。

选择取件方式：在取件方式页面，可选择 “自取” 或 “不需要实体材料” 选项，若选择 “自取” 需点击 “选择网点” 查看自取地址，确认取件方式后，点击 “下一步”3。

提交申请：核对申报信息、上传材料信息、取件信息等内容，确认无误后，点击 “提交” 按钮完成整个申请流程3。

准备材料：打印网上填写的申请表，并准备《营业执照正副本原件》《医疗器械经营许可证申请表》、法定代表人及相关人员身份证明和学历职称证明复印件、组织机构与部门设置说明、经营场所和库房的地理位置图及平面图等一系列材料1。

提交材料：将准备好的材料提交至朝阳区政务服务中心市场监督管理局窗口1。

提交成功后，监管部门会安排工作人员到企业经营场所和仓库进行现场核查，检查场地设施、人员资质、质量管理体系等是否符合要求1。

经审查和现场核查，对符合规定条件的，准予许可并发给医疗器械经营许可证；对不符合规定条件的，不予许可并书面说明理由