未按时申报纳税：企业未在规定的申报期限内进行纳税申报，或申报的数据存在错误、遗漏等情况。

注册地址问题：企业注册地址与实际经营地址不符，或无法联系到企业，导致税务机关在实地核查时查无下落。

发票问题：发票的开具、使用、保管等环节不符合规定，如虚开发票、发票丢失、发票开具不规范等。

税务系统问题：税务系统出现故障或数据异常，导致企业的税务申报、缴纳等业务无法正常办理5。

关联企业影响：与企业存在关联关系的其他企业出现税务异常，可能会牵连到本企业。